龟头上长小肉刺可能是由多种原因引起的，包括生理性原因和病原菌感染等。以下是一些可能的处理方法：

珍珠状阴茎丘疹：珍珠状阴茎丘疹是一种常见的良性病变，通常不会引起疼痛或不适感。如果不影响健康和生活质量，一般不需要特殊处理。保持局部清洁卫生，保持干燥是很重要的。如果患者认为珍珠状阴茎丘疹影响美观，可以咨询医生，了解二氧化碳激光手术等治疗方法。

尖锐湿疣：尖锐湿疣是一种性传播疾病，由尖锐湿疣病毒感染引起。如果怀疑是尖锐湿疣引起的小肉刺，建议及时就医，由专业医生进行确诊和治疗。治疗方法包括冷冻治疗、激光治疗等。

龟头炎：龟头炎是龟头慢性炎症引起的，也可能导致龟头边缘长小肉刺。保持龟头清洁，每天进行清洗是很重要的。如果是由细菌感染引起的龟头炎，可以咨询医生，根据具体情况选择合适的药物治疗。

需要注意的是，以上只是一些常见的处理方法，具体的治疗方案应根据个体情况而定。如果你发现龟头上长有小肉刺，建议及时就医，由专业医生进行诊断和治疗。医生会根据具体情况给出合适的处理建议。