临床上不少患者或非风湿科医生会将HLAB27与强直性脊柱炎的诊断挂钩，但实际上，HLAB27尚未纳入强直性脊柱炎的诊断标准中，虽然强直性脊柱炎患者HLAB27阳性率达90%左右，但无诊断特异性，因为普通人群HLAB27阳性率也可高达8%;HLAB27阴性患者只要临床表现和影像学检查符合诊断标准，也不能排除强直性脊柱炎可能。
尽管HLAB27与强直性脊柱炎密切相关，但其致病机制尚未明确，目前主要有两大假说对HLAB27在强直性脊柱炎发生发展过程中的作用进行阐述：一是HLAB27将抗原递呈至细胞毒性T细胞的自身免疫假说，二是HLAB27在组装过程中错误折叠导致内质网应激及自噬假说，但两种假说均有待进一步研究。
随着对HLAB27与强直性脊柱炎的深入研究，有研究认为HLAB27阳性的强直性脊柱炎患者其临床表现和预后要较阴性患者相对重些，也有研究特定的HLAB27亚型可能与强直性脊柱炎某些特异的临床表现相关，如HLAB*2705亚型较HLAB*2704亚型的强直性脊柱炎患者更易发生葡萄膜炎。
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