强直性脊柱炎的发病机制不完全清楚，但几乎可以确定是由免疫介导的。疾病各方面表现对肿瘤坏死因子αTNFα阻滞剂治疗的戏剧性反应该细胞因子在强直性脊柱炎免疫发病机制中起着核心作用。炎症的骶髂关节被CD4+、CD8+T细胞和巨噬细胞侵润，显示有高水平的TNFα。

强直性脊柱炎的症状在青少年后期或成年的早期才开始被注意，初的症状是隐匿出现的在下腰或臀区深部钝痛，伴随下背部半小时的晨僵，活动后改善，休息后加重。在起病的初几个月内，疼痛常为双侧持续性疼痛。夜间疼痛加重常迫使患者起床活动。

疼痛在疾病早期持续存在，然后间断出现，加重期和静止期交替出现。外周关节炎常呈非对称性，可在疾病的任何阶段发生。颈椎受累造成的颈痛和僵硬常是相对晚期的表现。常见的关节外表现是急性前葡萄膜炎，典型发作是单侧伴有眼痛、光过敏以及泪液分泌增加。

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