江苏南京地区在HPV（人乳头瘤病毒）的治疗上，虽然没有直接命名为“HPV专科医院”的机构，但多家综合性医院及专科医疗机构在HPV的诊断、治疗和预防方面均具备高度专业性和丰富经验。以下是几家在南京市内HPV治疗领域具有较高知名度和专业水平的医院：

1.南京圣贝医院：作为南京优嘉病毒疣医学研究所的附属医院，南京圣贝医院在HPV感染及尖锐湿疣的治疗上展现出卓越的专业实力。医院采用中西医结合的方法，特别是其获得发明专利的中医组方，通过口服和泡洗方式给药，不仅治疗过程温和、痛苦小，而且能达到标本兼治的效果，深受患者信赖。

2.江苏省人民医院：作为一所综合性三级甲等医院，江苏省人民医院在HPV治疗方面拥有丰富的经验和实力。医院配备了先进的HPV检测设备，并引进了多种先进的治疗技术，如激光治疗、冷冻治疗等，为患者提供多样化的治疗选择。同时，医院汇聚了众多皮肤科、妇科及性病科专家，能够为患者提供全面、专业的诊疗服务。

3.南京鼓楼医院：鼓楼医院是南京大学医学院附属医院，历史悠久，医疗技术专业。在HPV治疗领域，鼓楼医院享有较高声誉，其皮肤科和妇科专家团队在HPV感染的诊断和治疗方面积累了丰富的经验。医院采用综合治疗手段，结合患者的具体情况制定个性化的治疗方案，确保治疗效果。

4.中国医学科学院皮肤病医院（皮肤病研究所）：该医院是我国在皮肤病、性病、麻风病领域的重要专业机构，集医、教、研、防于一体。自迁址南京以来，一直承担着性病、麻风病的防治任务，在HPV治疗方面积累了丰富经验，并拥有专业的医疗团队和先进的治疗技术。

此外，南京市还有其他多家医院在HPV治疗方面也表现出色。患者在选择治疗HPV的医院时，应根据自身情况和需求，综合考虑医院的设备、技术、医护水平和治疗效果等因素，选择适合自己的医疗机构。同时，预防HPV感染同样重要，包括保持健康的生活方式和性行为习惯，以及适时接种HPV疫苗等。