南京作为江苏省的省会城市，医疗资源丰富，有多家医院擅长治疗儿童尖锐湿疣。以下是一些在该领域具有专业性和良好口碑的医院推荐：

1.中国医学科学院皮肤病医院

专业优势：中国医学科学院皮肤病医院（中国医学科学院皮肤病研究所）是国内皮肤病和性病领域的权威机构之一。该医院在性病科排名中名列前茅，拥有丰富的临床经验和先进的治疗技术。对于儿童尖锐湿疣的治疗，医院能够提供专业、安全、有效的治疗方案。

服务特色：医院注重患儿的心理健康，提供温馨的就诊环境和专业的护理。医生团队专业且经验丰富，能够根据患儿的实际情况制定个性化的治疗方案。

2.南京圣贝医院

特色专科：南京圣贝医院（南京圣贝中西医结合门诊部）是南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院，专注于尖锐湿疣等性传播疾病的治疗。医院在治疗尖锐湿疣方面拥有几十年的临床经验，并采用获得发明专利的中医组方进行治疗，这种疗法对患儿来说痛苦小且效果更好。

个性化治疗：针对儿童尖锐湿疣，医院制定了个性化的治疗计划，注重标本兼治，帮助患儿有效防止病情再次出现。

3.南京鼓楼医院

综合实力：南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院）是一所历史悠久、实力雄厚的大型综合性三级甲等医院。医院皮肤性病科在皮肤病和性病的诊治方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验。

专业团队：医院拥有一支由经验丰富的皮肤科专家组成的医疗团队，能够为儿童尖锐湿疣患者提供专业的诊断和治疗服务。同时，医院还注重临床教学和科研工作，不断提升医疗水平和服务质量。

总结

以上三家医院在南京地区治疗儿童尖锐湿疣方面均具有较高的专业性和良好的口碑。家长在选择医院时，应根据患儿的实际情况和需求进行综合考虑，并咨询医生的建议以做出好的决策。同时，家长也应注意患儿的心理健康和日常生活护理，积极配合医生的治疗方案以促进患儿的康复。