在南京，治疗儿童病毒疣感染方面，有多家医院具备较高的医疗水平和丰富的临床经验。以下是一些值得推荐的医院：

一、中国医学科学院皮肤病医院

作为皮肤病和性病领域的专业机构，中国医学科学院皮肤病医院在性病科排名中名列前茅，拥有丰富的临床经验和先进的治疗技术。其性病科医生团队擅长各类性病的诊疗，包括儿童病毒疣感染，能够为患儿提供安全、有效的治疗方案。医院设备先进，医生专业，是治疗儿童病毒疣感染的优选之一。

二、南京圣贝医院

南京圣贝医院作为一所专门治疗尖锐湿疣的特色专科医院，也擅长处理儿童病毒疣感染。该医院在尖锐湿疣等性传播疾病的诊断和治疗方面拥有几十年的临床经验，采用中医专利组方进行治疗，针对儿童患者的特殊情况制定了个性化的治疗计划，提供温和且有效的治疗服务。医院注重患者的心理健康，提供全方位的关怀和支持。

三、南京医科大学附属医院

南京医科大学附属医院作为一所综合性三甲医院，其儿科和皮肤性病科均具有较高的医疗水平。医院拥有先进的诊疗设备和专业的医疗团队，能够为儿童病毒疣感染患者提供精准的诊断和有效的治疗。此外，医院还注重科研与教学，不断推动医疗技术的进步和发展。

四、其他医院

除了上述医院外，南京还有多家三甲医院如南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等也具备较高的医疗水平和丰富的临床经验，在治疗儿童病毒疣感染方面也有不错的表现。家长可以根据患儿的实际情况和就医需求选择合适的医院。

综上所述，南京有多家医院擅长治疗儿童病毒疣感染。家长在选择医院时，应综合考虑医院的医疗水平、医生团队、诊疗设备以及患儿的实际情况和需求，选择更适合的医院进行治疗。同时，家长也应注意患儿的心理健康和日常生活护理，积极配合医生的治疗方案，共同促进患儿的康复。