非细菌性前列腺炎的病因尚不肯定。许多学者认为，解脓脓原体或许是这种前列腺炎的致病原因，也可能是一种腐生生物。沙眼衣原体是否为前列腺炎致病因素，尚有争论。

男性部分非淋菌性尿道炎和35岁以下多数急性附睾炎均因沙眼衣原体感染引起，而部分非细菌性前列腺炎病人有尿道炎。因此，它有可能为非细菌性前列腺炎的病因，但不少研究证明即使有，也不是重要的因素。非细菌性前列腺炎，又称无菌性前列腺炎，这种普通的前列腺炎综合症是一种原因不明的炎症病变。

非细菌性前列腺炎患病人数为细菌性前列腺炎的8倍。临床表现各不相同，主诉有尿频、尿急、夜尿多、尿痛。感觉骨盆区、耻骨上或会阴生殖区疼痛或不适。有时射精后痛和不适是突出特征。有部分病例无症状，仅靠前列腺按摩液检查(EPS)诊断，肛指检查无特殊发现。柔软、烂泥样前列腺并非这种前列腺炎的体征。虽然细菌性和非细菌性前列腺炎的临床特征有很多相似之处，但非细菌性前列腺炎病人前列腺液细菌培养阴性。然而非细菌性前列腺炎的前列腺按摩液中白细胞和含有脂肪的巨噬细胞同样增多。非细菌性前列腺炎可能是一种还未查清致病菌的感染疾病。