尖锐湿疣可以并发恶性变。流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联。有说明5%10% 的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15% 阴茎癌、5% 女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的。

尖锐湿疣可以并发恶性癌变。流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联。有说明5%10% 的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15% 阴茎癌、5% 女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的。许多实验研究也证明HPV、尖锐湿疣和生殖器癌三者之间是存在着因果关系的。

本病常与其他STD并发，约1/3 尖锐湿疣患者同时患有淋病、梅毒、衣原体感染、滴虫病等，应注意检查，及时发现和治疗。

尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻。婴儿和青春期的男女儿童可发生肛周湿疣，女性儿童可有外阴湿疣。喉部尖锐湿疣大多数病例报告发生在婴儿，主要由HPV6和HPV11引起，病毒传染途径是经胎盘、围生期或生后感染还不清楚。亚临床感染绝大多数生殖道肛门HPV感染是亚临床的，组织细胞学方法也仅能检出不到一半，更多的是核酸水平的亚临床感染。

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